经省民政厅批准，哈尔滨工程大学校友会于2007年5月正式注册成立。

校友会是具有独立法人资格的联谊性、非营利性组织。校长刘志刚担任会长。党委副书记、副校长魏潾担任常务副会长，校长助理吴庆文任秘书长，校友办主任尚鲜利任常务副秘书长。

校友会的宗旨是弘扬学校的优良传统，加强母校与校友之间、校友与校友之间的联系，促进校友协助母校开展教学、科研、学术、文化等方面的交流与协作。

校友会办事机构设在学校校友办。工作重点主要包括联络校友，加强校友和母校的交流与合作；组织校友联谊活动；编辑出版《工学校友》期刊等。据悉，校友办正在积极筹备召开第一次校友代表大会。