2000年1月20日，中共哈尔滨工程大学第一次代表大会(因学校更名，党代会届次重新计算)召开。大会的主题是:高举邓小平理论伟大旗帜，抓住机遇，开拓进取,努力实现跨越式发展，为建设国际知名的中国高水平大学而奋斗。

参加大会的正式代表280名，列席代表62名,特邀代表31名。大会选举产生了中共哈尔滨工程大学第一届委员会和第一届纪律检查委员会。中共哈尔滨工程大学第一届委员会委员21名,他们是:王玉辉(女)、丛望、毕志华、刘胜、刘志刚、孙尧、杨东奇、杨德森、佟福山、邱长华、张曙、张文平、张佩玲(女)、郝燕玲(女)、高晚欣、黄胜、黄鲁成、黄斌强、常天义、梁绍基、魏潾。中共哈尔滨工程大学第一届纪律检查委员会委员9名，他们是:于栋元、支幼华、王开业、王玉辉(女)、吕英玮(女)、马景骏、肖风秋(女)、张晋(女)、常天义。大会确定的学校新世纪的奋斗目标是:到2005年左右，把我校建成在人才培养、科学研究以及产业开发等方面处于国内先进的高水平大学，成为船舶工业、海洋开发、海军装备等科技领域人才培养、科学研究、技术创新的重要基地;到2010年左右，把我校建成整体条件、人才培养质量、科学研究和管理水平国内先进，船舶与海洋工程科技领域的主要学科整体达到或接近国内领先的高水平大学;到2030年左右，把我校建成有若干学科处于国际先进水平、人才培养和科学研究在国际上有一定影响的国际知名的中国高水平大学。

大会确定的实现新世纪奋斗目标的发展战略的核心思想是:把握国家实施科教兴国战略的大好形势，抓住机遇，开拓进取，努力实现跨越式发展。实现新世纪奋斗目标的发展战略是:(一)实施改革战略，全面推进学校的改革工作,建立科学高效的管理体制和运行机制;(二)实施拓展战略，通过多方筹措资金并采取建立分校、扩展现有校园等形式，拓展办学空间，使学校的基本物质条件满足跨越式发展的需要;(三)实施人才战略，以优惠政策引进和稳定高层次人才,建立高素质的教师队伍;(四)实施攻坚战略，抓住“211工程”、本科教学优秀评价、试办研究生院等关键问题，确保各项重要任务如期完成。

大会通过了《关于全面推进和加快学校改革工作的决议》。