“三海一核”——即船舶工业、海军装备、海洋开发、核能应用，是哈尔滨工程大学特色办学理念；是“哈军工”、“哈船院”到今天的哈尔滨工程大学，历经50多年的发展积累，形成的特色学科体系的凝练；是哈尔滨工程大学创建特色鲜明的高水平研究型大学的核心。

我校是全国56所建有研究生院的重点大学，也是国家“211工程”首批建设院校。学校的水下机器人、船舶减摇、组合导航、水声定位、核动力仿真等技术居国内领先、国际先进地位；学校荣获国家科技进步及科技发明二等奖3项，荣获“全国先进基层党组织”、“全国师德建设先进集体”、“国家大学生文化素质教育基地”等荣誉称号；在网络教育论坛中，学校被列为“中国最具爆发力的十所大学”之首；《新世纪周刊》2007年第13期公布的“中国大学满意度排行榜”，学校位列第12名。哈尔滨工程大学以其鲜明的“三海一核”特色，成为全国重点高校中的一大亮点。