学校具有重视党建与思想政治工作的光荣传统。早在哈军工时期，学院就把毛泽东主席《训词》作为重要的思想指南，把“政治思想性”与人才培养有机结合起来。新世纪以来，学校党委坚持“在发展中加强党建，以党建成果保障发展进程，以发展成果检验党建工作”的理念，紧紧围绕中心工作，以党的建设推动事业发展，引领前进方向。党建与思想政治工作成为学校实现建设特色鲜明的高水平研究型大学奋斗目标的重要保障。

以树立科学的办学理念为着力点，切实发挥党委领导核心作用。2005年，第二次党代会确立了“创建特色鲜明的高水平研究型大学”的发展目标和“三步走”的战略部署，凝炼了“三海一核”特色办学方略，提出了“人才强校”等四大战略举措。2007年，四届一次教代会提出了构建研究型大学基本框架的“六大体系”，系统回答了怎样办研究型大学的问题。同年，提出内涵建设思想，引领学校进入了向内涵式发展战略转型的新时期。2008年，提出打造以“三海一核”为核心的特色学科专业体系，与时俱进地发展了特色办学理念。2009年，提出加快构建面向未来的现代大学制度体系，为学校发展从制度创新的角度注入了新动力。

以提高办学治校能力为着力点，努力建设高素质的领导班子和干部队伍。领导班子是学校改革发展的领导者、组织者和推动者。学校党委以“学习好、作风好、纪律好、业绩好”为目标，着力加强各级领导班子办学治校能力建设，建立了 “五位一体”的理论学习机制，健全了“三重一大”事项的决策机制等。

以坚定理想信念为着力点，不断提高大学生思想政治教育针对性实效性和吸引力感染力。在全国高校中率先把“案例教学法”引入思想政治理论课教学，极大地调动了学生学习的积极性、主动性，提高了理论学习的效果。黑龙江省思想政治理论课教学改革观摩现场会在我校召开，案例教学经验在全省推广。《光明日报》在头版头条以“案例教学激活思想政治理论课”为题进行了深度报道。学校的国防教育、蓝色国土教育、军政训练等都成为特色品牌，“为船、为海、为国防”的观念深入人心。

以保持先进性为着力点，充分发挥基层党组织的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用。在党员中广泛开展“定岗明责”、“挂牌服务”、“党员示范岗”、“党员群众零距离”、“创优争先”等活动，近年来在校内外各类先进表彰以及教学、科技奖励中，党员比例超过75%。特别是在甲流防控、抗震救灾等危急关头以及面临重大任务挑战的关键时刻，广大党员身先士卒、迎难而上，树立起一面面引领师生奋勇向前的旗帜。据党员毕业生调查显示，95%以上的用人单位对我校的党员毕业生给予良好以上评价。

以加强党的作风建设为着力点，切实加强党风廉政建设和校风学风建设，以优良党风促学风带校风。在全国高校中第一个设立了学习指导中心，班主任工作更走在全国高校前列，建立了完善的学风建设体系，在黑龙江省高校中赢得了“学在工程”的美誉。

以执政为民、服务师生为着力点，凝聚人心，汇聚人气，努力构建社会主义和谐校园。在党建工作与中心工作的紧密结合、强化党组织功能的实践中，以项目为牵引推动党建工作创新和以哈军工文化园建设为载体构建特色文化育人环境逐渐成为学校党建工作的特色。2012年，校党委全面展开“党支部建设年”活动，大力推进“基础建设工程”、“领头雁工程”、“活力提升工程”等3项工程，推动我校基层党建科学化水平不断提升，为推动学校科学发展提供了坚强的组织保证。

忠诚旗帜引领的哈尔滨工程大学在正确的发展道路上飞速前行，取得了骄人成果。2006年，校党委荣获“全国先进基层党组织”；2009年，学校荣膺全国精神文明建设工作先进单位；2011年，学校荣膺文明创建工作国家最高级别奖励“全国文明单位”称号；2012年，学校荣获全国工会系统集体单位最高荣誉 “全国五一劳动奖状”，连续五次获得全国法制宣传教育先进单位，以及全国大学生心理健康教育工作先进单位、黑龙江省文明单位标兵、黑龙江省思想政治工作先进集体、黑龙江省思想政治理论课建设标兵单位、黑龙江省党风廉政建设先进集体、黑龙江省“三育人”工作先进集体等几十项省级以上奖励。